该校以法学院较负盛名（《美国新闻与世界报道》法学院排名: 79）（U.S. Newsrank: 70），在破产法方面卓有声望。独立且专门的药学院更为其一大特点，在美东地区是一个少有的较有声誉的专门药学院，也是纽约附近唯一的一所高质量的药学院。值得一提的是，圣约翰大学的商学院研究所亦获得AACSBInternational认证（全美共406所通过认可），该院有80年的历史，提供商科的学士和硕士学位，以及MBA学位和各种专业的证书课程，在精算方面尤为突出。圣约翰大学的商学院在纽约地区颇具名望，其课程设置结合了先进科技、实践经验、扎实的知识基础、以及全球化的视野。商学院的教师致力于应用研究的同时，也把最新的商业发展动向带入了课堂。学院下设多个院系，包括：会计和税收、计算机信息系统和决策学、经济学和金融、商法、管理、市场、风险管理、保险和审计学。MBA项目具有自己的特色，MBA学生可以选择多个专业方向：会计、税收、决策学、金融、保险金融管理、国际商务、国际金融、风险管理、市场管理、计算机信息系统，等等。
圣约翰大学的风险管理与保险专业 在2017年“保险与风险管理专业 全美最佳15所大学”调查中，位列全国第二。
根据《美国新闻与世界报道》全美大学评鉴，圣约翰大学近年在“全国性综合大学”（national universities）的分类中，排名属于约100-150名左右）。其中法学院位列专业排名74名。另外，每年都被选入由Prinston Review年出版的<The Best 373 Colleges,美国最好的373所大学>。
根据2015年的《商业内部新闻》杂志调查，圣约翰大学属于全美被低估的15所大学之一，也就是说它的实际教育价值远超在外的排名。
2010年 《华尔街日报》将圣约翰大学评为“尽全力为学生提供就业指导和职业发展”的100所大学之一。
其亚洲研究中心及亚洲研究所（又称孙逸仙研究所）为 中国台湾地区政府于1970年代资助设立，为纽约地区研究中国及东亚文明研究的一大重镇；该校总图书馆仍保有丰富的汉文藏书。校内的亚洲研究中心是一个中式风格的建筑。
同时，它为美东体育名校之一，属于美国大学体育总会（NCAA）“大东区”（Big East）联盟，强项为篮球、足球（1996 NCAA 男子组冠军）等。特别是男子篮球队，为美国大学传统著名强队之一。校队原以“红人队”（Redmen）富有盛名，后为避讳种族联想，改名为“红色风暴”（Red Storm）。前NBA职业篮球员克里斯·穆林（Chris Mullin），有NBA“上帝的左手”之雅称，为该校校友中最著名的体育界闻人之一。
