影响
在欧洲，除了业已存在的大学外，13世纪新建的大学都是由教皇倡议并设置的，进入14世纪，欧洲各地的君主纷纷开设属于自己的大学，但仍必须获得教皇的认可，欧洲大学的数量迅速增加。1378年—1417年发生了教会大分裂，这对欧洲的政治版图和大学布局产生了深远的影响。因为这场教会大分裂，原本聚集在巴黎的来自欧洲各地的师生旗帜鲜明地站到了各地所支持的教皇那一边，尖锐的民族对立和宗教信仰冲突导致了德国师生大规模地离开巴黎大学返回故乡，由此促成了德国内一大批大学的出现。德语圈地区在教皇的大力支持下，14世纪后半期出现了一场新建大学的运动，这批新大学都获得了教皇颁发的特许。
学校资助
1409年布拉格查理大学发生了同样的分裂情况，许多在布拉格的教师和学生因此返回德国。在这样的背景下，图林根的方伯侯爵、韦廷王朝的边伯侯爵、后来的萨克森选帝侯腓特烈一世（Friedrich I. (Sachsen)，1370年4月11日–1428年1月4日）和他的弟弟韦廷王朝的边伯侯爵威廉二世（William II，1371年4月23日–1425年3月30日）于1409年创建了莱比锡大学，当时的校名为Alma mater Lipsiensis，大学设立的艺术系接收了从布拉格回来的师生，
莱比锡大学获得了当地统治者的大力资助，并在同年9月9日获得教皇亚历山大五世的认可，12月2日正式成立。其后又相继设立了医学系（1415年）和法学系（1446年）。
三月革命中的莱比锡大学
接下来的几个世纪，莱比锡大学持续发展，建立了新的院系，并一度成为德国最大的大学。莱比锡大学师生参加了德国1848年的三月革命。1923年萨克森皇家兽医学校从德累斯顿搬到了莱比锡，成为莱比锡大学的兽医系。
十一月革命中的莱比锡大学
在20世纪初期，莱比锡大学师生的右翼保守主义思想高涨，德国十一月革命（1918年—1919年）时，学生们在校长的要求下取下了大学主楼上的红旗，挂上了韦廷王朝的旗帜。因魏玛政府签署1919年凡尔赛条约而引发的卡普政变期间，莱比锡大学的学生志愿者占领了市中心并向卡普的反对者开枪。1931年莱比锡大学的国家社会主义（纳粹）学生组织赢得大学学生组织的选举，1933年超过100名教授联名支持希特勒上台，第二次世界大战爆发后，莱比锡大学成为被允许继续授课的四所“大德意志”大学之一。
二战结束时，莱比锡大学60%的建筑和70%的藏书被毁，1946年2月5日大学重新开放，此后大学陆续重建和扩建，大学校门由被誉为“普鲁士古典主义者”的卡尔·弗里德里希·申克尔设计。到2009年大学600周年校庆时市中心校园将全新落成。
莱比锡大学最后名称
莱比锡大学1953年改名“莱比锡卡尔·马克思大学”，1991年又改回。
